1500～1000万年前、現在の中頓別周辺には海が広がっており、フジツボや貝類を始めとする多くの海洋生物が生息していました。やがてその遺骸が石灰岩層を形成し、長い年月の間、 隆起と川による浸食を受けて出来た巨大な岩が軍艦岩です。

　軍艦岩の上も散策ルートとなっており、岩の上は園内一番のビュースポットです。